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众所周知,计算相关性非常的简单,因为R 语言中有函数cor.test(),该函数可以计算多种方法的相关性检验,返回相关性,Pvalue等检验值,但是这个函数在Julia中并不存在,让Julia作为一门科学计算语言显得并不完美。

前言

自己写的好几种算法企图实现bedtools的功能,虽然julia性能足够好,但都难以在效率上达到bedtools的性能,于是最后只能借助轮子了。

如何安装Julia

有很多方法,其中最简单的就是去各大景象站点下载编译好的二进制包,例如

另外,可以使用包管理工具jill下载安装,

在生物信息学中经常用到的脚本语言主要是pythonperl,他们被用来处理文本大量统计流程控制等等,其自身也是各有优势。比如说perl天生就为了处理文本而生,但是python确是有名的胶水语言,特别在整合C代码时显示出巨大的优势,其语法简洁易懂,易于维护更让其成为仅次于CJAVA的第三大语言,但其糟糕的性能在处理大量循环时会让人忍不住抓狂。因此,Julia语言应运而生,其控制了python中没必要的动态性,加之使用JIT技术让其能够保有高性能的同时具备简洁的语法。

julia本身是一门很快速的语言,但是现代计算机往往具有多核心多线程设计,因此,充分发挥硬件,能进一步提高效率 多线程的启动 julia从1.5开始新添加了命令行参数-t num_procs,例如,你想启动一个10个线程的julia,那么就可以执行: julia -t 10  进入REPL后,可以查看当前线程数: Threads.nthreads() 10  如何多线程? julia提供了一个简单...