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在生物信息学中经常用到的脚本语言主要是pythonperl,他们被用来处理文本大量统计流程控制等等,其自身也是各有优势。比如说perl天生就为了处理文本而生,但是python确是有名的胶水语言,特别在整合C代码时显示出巨大的优势,其语法简洁易懂,易于维护更让其成为仅次于CJAVA的第三大语言,但其糟糕的性能在处理大量循环时会让人忍不住抓狂。因此,Julia语言应运而生,其控制了python中没必要的动态性,加之使用JIT技术让其能够保有高性能的同时具备简洁的语法。

streamlit的有趣特点

  • 所有的程序,只要是前端交互页面发生变动或者说交互,代码就会从头到尾执行一遍
  • 提供了非常多数据交互的组件,每个组件都可以返回数值,用来和别的组件交流
  • 有特殊的缓存系统,防止长时间运行的程序成为瓶颈
  • 因为程序从头至尾的顺序执行,异步的支持较差

项目目的

利用CBE的碱基编辑能将正常氨基酸密码子转换成终止密码子的性能,设计出针对人类、猪、小鼠的全部基因的CBE-STOP芯片。通过TRAP系统的细胞内测试,检测分析所有gRNA介导的STOP效率,最终建立人类、猪、小鼠的CBE-STOP的gRNA效率数据库,供做base-editing相关研究的科研人员使用。

前言

Crispr基因编辑正越来越广泛的应用在各个方面,包括科研,医疗等等,针对经过筛选的药物靶向基因设计gRNA,使其由原始的基因序列突变为终止密码子,从而无法表达蛋白,进而治疗疾病或者抵抗药物